長期食用獸藥殘留超標的食品后，當體內蓄積的藥物濃度達到一定里時會對人體產生多種急慢性中毒。例如磺胺類藥物可引起人體腎臟的損傷；氯雷素的超標可引起致命的“灰嬰綜合征”反應，嚴重時還會造成人的再生障礙性貧血；四環(huán)素類藥物能夠與骨骼中的鈣結合，抑制骨骼和牙齒的發(fā)育等。

　　耐藥菌株的產生動物在經常反復接觸某一種藥物后，其體內的敏感菌株將受到選擇性的限制,細菌產生耐藥性，耐藥菌株大里繁殖，使得一些常用藥物的療效下降甚至失去療效，如青霉素、氯霉素、慶大霉素、磺胺類等藥物在畜禽中已大量產生抗藥性，臨床效果越來越差，使疾病治療更加困難。

　　人們常食用帶一定有獸殘風險的動物性食品，動物體內的耐藥菌株可傳播給人，當人體發(fā)生疾病時，給治療帶來了困難，這種現象越來越普遍，比如90年代人們患感冒服藥很有效，現在得了普通感冒，連續(xù)輸液已是普遍現象，這種現象和菌株耐藥性的產生有很大的關聯。

　　由于耐藥菌株的不斷出現，人類不得不持續(xù)進行抗菌藥物的更新換代。在人與細菌的抗急中，細菌總是處于一定地位，研發(fā)新藥的速度遠遠跟不上細菌耐藥性的產生。

　　“三致”作用研究發(fā)現許多藥物具有致癌、致畸、致突變作用。如丁苯咪唑、丙硫咪唑和苯硫苯氨酯具有致畸作用:雌激素、克球酚、砷制劑、喹惡啉類、硝基呋喃類等己被證明具有致癌作用；喹諾酮類藥物的個別品種已在真核細胞內發(fā)現有致突變作用；鏈霉素具有潛在的致畸作用。這些獸殘風險無疑會對人類產生潛在的危害。

　　過敏反應許多抗菌藥物如青霉素、四環(huán)素類、磺胺類和氨基糖苷類等能使部分人群發(fā)生過敏反應甚至休克，并在短時間內出現血壓下降、皮疹、喉頭水腫、呼吸困難等嚴重癥狀。

　　腸道菌群失調抗菌藥物殘留的動物源食品可對人類胃腸的正常菌群產生不良的影響，使一些非致病菌被抑制或死亡，造成人體內菌群的平衡失調，從而導致長期的腹瀉或引起維生素的缺乏等反應。菌群失調還容易造成病原菌的交替感染，使得具有選擇性作用的抗生素及其他化學藥物失去療效。